한국에서의 군종제도의 시작은 기독교가 주도적인 역할을 하였다. 기독교 군목제도는 반공을 국시로 하고 다수의 기독교 신자들이 참여한 이승만 대 통령 시절에 독점적인 위치를 차지하고 있었다. 초기부터 천주교도 신부들 도 참여했지만, 기독교 군목만큼 그 활동이 활발하지 못했다. 1960년대 후반 에 월남전이 발발하면서 불교도 파병된 한국 병사들을 위해 군승을 파송하 기 시작하면서 표면적으로는 세 종교가 선의의 경쟁을 하는 것처럼 보였으 나, 실제로는 적지 않은 종교적 갈등을 빚은 것도 사실이었다. 최근에 들어 햇볕정책을 비롯한 대북정책의 변화로 반공이라는 단어가 서 서히 사라지고, 북한이 더 이상 우리의 주적이 아니라는 이데올로기 진공의 정치적 상황은 군종 병과의 존폐를 위협하고 있다. 뿐만 아니라, 종교 간의 과열경쟁도 군종무용론을 부추기는 요소가 되었다. 현재의 군목 활동은 상 당히 제한되고 있으며, 병사들의 군대적응을 상담하고 교육하는 정도이고, 장병들을 위한 정신교육이나 종교 강연도 사라지고 있다. 전통과 절대 진리 를 거부하는 포스트모더니즘의 영향으로 탈(脫)이데올로기적이고 탈(脫)윤리 적인 이 시대에는 군대에서 도덕교육도 불가능하게 한다. 그럼에도 불구하 고, 군종제도나 군종장교들의 활동은 한국군의 신앙전력화와 사병들의 군생 활에 긍정적인 공헌을 해 왔음을 부인할 수 없다. 대한민국 헌법이 지향하는 평등이 획일적 평등이 아니라 공정한 평등이라 면, 군대 내의 군종장교의 수나 군종정책을 수행해 나가는 데에 있어서 고려 해야할사항이바로군신자현황이아닐수없다. 기독교, 천주교, 불교, 그 리고 원불교의 신자현황을 비교해 보면 현역사병의 수나 군무원, 부사관, 준 사관, 위관, 영관, 장군수에있어서기독교신자의수가압도적으로많은것 은 사실이다. 군목제도를 창설하게 된 동기가 기독교의 특혜를 위한 것이라 기보다는 국가의 운명을 좌우하는 치열한 전투 속에서 장병들을 정신적으로 위로하고 영적으로 무장시켜 절박한 위기를 극복하도록 피눈물 나는 고생과 수고의 결과이었음을 인지해야 할 것이다. 국방부가 군종제도에 대한 객관 적이고 합리적인 정책을 펼쳐갈 수 있도록 자문하고 합의에 도출할 수 있도 록 최대한의 노력을 해야 한다. 헌법에 보장된 “종교의 자유”를 추구하다, 결국은 “포교의 자유”를 희생시켜야 할 처지에 놓일 수도 있기 때문이다.