본고는 지방자치단체가 남북교류협력의 일환으로 다양한 형태의 사무들을 추진함에 있어 법제적 한계를 겪고 있는 어려움을 찾아내어, 그 해소방안을 제시하는 것이 목적이다. 이를 위해 먼저 중앙정부 중심이 아닌 지방자치단체에 포커스를 두고, 그들이 남북교류협력 활동을 추진함에 있어 관계를 갖는 규범내용들을 헌법에서부터 조례의 차원까지 개관해 보았다. 지방자치단체는 남북교류협력사업을 지방자치법 제8조, 제9조에 근거하여 중앙정부(법무부, 통일부, 안전행정부 등)의 합법성에 대한 지도․감독 하에 자치사무(Eigene Angelegenheit)로서 수행할 수 있다. 그러나 이때의 사무는 지역적 영역이 남한을 넘어 북한지역에까지 미치는 지방자치단체의 특수한 행정활동이라는 특징을 갖기 때문에 남북교류협력법, 남북교류기금법, 국가보안법이 지방자치법에 비해 특별법적 지위에서 작용하게 된다. 이러한 메카니즘 속에서 지방자치단체의 남북교류협력사업은 그 내용이 위법하지 않을 것과, 해당 사업의 근거가 되는 조례가 상위법에 저촉되지 않으며, 그 활동이 주민의 복지증진과 지역의 문화 및 예술발전에 기여할 것이 요구받게 된다. 현재 많은 지방자치단체들이 남북교류협력사업들을 추진하고 있는 가운데, 본고에서는 지방자치단체 중에서 맏형격인 서울시를 선정하여, 서울시 조례를 중심으로 남북교류협력에 관한 자치법제적 문제점을 살펴보았다. 첫째로 지적되는 점은, 서울시의 남북교류협력에 관한 조례가 남북교류협력에 관한 법률과 남북협력기금법과의 연계고리 속에서 내용적인 통일성을 이루지 못하다는 점이다. 둘째로, 지방자치단체의 자치법규는 통상 그 지역의 ‘지역법(Ortsrecht)’ 또는 ‘지역특성법’으로서의 정체성 내지 특징과 기능을 반영하여야 하는데, 서울시의 남북교류협력에 관한 조례는 이러한 특징을 반영하지 못하고 있고, 이는 다른 지방의 조례에서도 거의 동일하게 나타난다. 수도로서의 서울이 남북교류협력사업에 있어 중점을 두는 영역, 동 사업이 서울시에 주는 의미 등을 해당 조례에 담아내지 못하고 있는 것이다. 지방자치단체에 의한 남북교류협력이 다양화, 활성화, 자율과 책임이 수반된 효과 있는 사업이 되기 위해서는 지방자치법상에 지방자치단체의 남북교류협력사업이 남북교류협력에 관한 특별법들과 어떻게 연결되는 지에 대한 가교적인 법조문의 신설이 요구된다. 그렇게 되면 지방자치단체가 북한과 인적․물적 교류를 함에 있어 중앙정부와의 관계에 있어 규제와 지원에 있어 일관성이 확보될 수 있을 것인바, 앞으로의 입법적 과제가 아닐 수 없다.