가야사연구는 征韓論, 청·일전쟁, 강제병합의 과정 속에서 이루어졌다. 타율성이라는 식민사관을 바탕으로 ‘임나일본부설’이 만들어졌고, 임나일본부설을 증명하기 위하여 가야사가 연구되었다. 이러한 가야사연구는 한·일 양국 모두에게 바람직하지 못했다. 1980년대 이전까지의 가야사연구는 임나일본부에 대한 긍정과 부정을 위한 근거제시에 불과했다. 따라서 한국과 일본, 그리고 한일관계에 대한 객관적인 역사연구가 이루어지지 못했다. 이것이 가야사의 불행이었다. 가야사연구는 더 이상 과거 일본의 제국주의사학자들이 내세웠던 ‘일선동조론’이나 북한사학자가 주장하는 ‘분국론’같이 민족적 자존심을 만족시키는 내셔널리즘이 되어서는 곤란하며 현대적 국가의식의 과잉으로 투영된 고대 한일관계사의 복원도 경계되어야 한다. 호혜평등의 미래 지향적인 한일관계를 이룩하기 위해서 구시대의 식민사관은 극복되어야 할 대상이며, 일본은 한국에 대한 객관적 연구를 토대로 한 새로운 韓國史像을 수립해야 할 것이며, 이것은 한국 연구자도 마찬가지이다.
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