한국군은 북한의 탄도미사일 위협에 대응하기 위해 단층방어의 취약점을 보완할 수 있는 다층방어를 구성 중이다. 이에 따라 다층방어체계의 요격률을 극대화 할 수 있는 운용방안 연구가 필요하며, 한국형 미사일 방어체계의 운용방안을 연구하기 위해서는 한국군의 작전환경, 전략적 타격체계의 효과 등을 종합적으로 고려해야 할 것이다. 따라서 본 연구는 한국형 미사일 방어체계의 특성을 반영한 시뮬레이션을 구성하고 총 4가지 요격미사일 운용방안을 선정하여 비교분석 하였다. 시뮬레이션 결과, 탄도미사일 위협 추정량과 요격미사일 보유량, 전략적 타격체계의 효과를 종합적으로 고려하는 것이 다양한 상황에서 높은 요격률을 달성할 수 있음을 확인하였다.