남한과 북한은 평화적 통일의 상대방이라는 전제로 양자조약을 체결할 수 있다. 그러나 남북합의서는 통일을 지향하는 잠정적이고 특수한 관계에서 맺어지는 특수한 조약이다. 그리고 남북합의서는 다양한 의도와 맥락에서 체결될 수 있으므로, 그 체결절차만으로 스스로 조약임을 입증할 수 없다. 물론 남북합의서가 절차적으로도 내용적으로도 조약의 요건을 갖춘다면, 조약으로서 국내법적 효력을 가진다. 그러나 기존의 전형적인 조약의 국내법적 효력에 관한 이론을 남북합의서에 그대로 적용할 수 없다. 남북합의서는 국가의 대외적 의사결정에 따라 정부의 대표가 북한과 교섭하여 맺는 합의이다. 이런 합의의 법적 효력은 원칙적으로 당사자 사이에서 유효하다. 이를 넘어서서 국가의 구성원인 일반 국민에게도 직접 적용되는 법적 효력을 부여하는 것은 중요한 의미가 있다. 특히 남북합의서의 규정으로 국가가 국민의 자유와 권리를 직접 제한해야 하는 경우에는 직접효력을 부여하는 것보다는 입법자가 마련하는 법률을 통해 그 이행이 확보되도록 하는 것이 바람직하다. 법적 구속력이 없는 남북합의서를 남북관계발전법 제21조와 제22조에 따라 체결·공포하면, 남북합의서에 대해 법적 효력을 안정적으로 부여하기 어려워진다. 법적 구속력이 있는 남북합의서라고 하더라도, 그 이행을 위하여 국민의 자유와 권리가 제한되어야 한다면 남북합의서 규정을 통하는 것보다 국회의 입법을 통하는 것이 더 적절하다.