이 연구는 국가인권위원회에서 수행한 2018년 『북한이탈주민 신변보호제도 개선방안 실태조사』 결과에 기초하여 신변보호제도에 대한 북한이탈주민의 인식과 경험을 토대로 제도 개선방안을 인권보장 차원에서 모색한 것이다. 북한이탈주민 대상 실태조사 결과 신변보호제도에 대한 북한이탈주민의 신뢰가 높기도 했지만, 운영과정에서 사생활 침해를 중심으로 한 인권침해적 요소도 드러났다. 특히 신변보호제도의 법적 근거가 미약하고 경찰청의 신변보호지침이 비공개이며, 보호 기간이 무기한 연장되거나 사생활이 침해되는 등의 인권침해 위험성도 큰 것으로 나타났다. 신변보호제도의 문제점을 개선하기 위해서는 다음과 같은 개선이 필요할 것이다. 첫째, 법적 근거를 보다 명확하고 구체화할 필요가 있다. 2019년 1월 「북한이탈주민의 보호 및 정착지원에 관한 법률」 개정 시 제22조의2(거주지에서의 신변보호)의 신설로 신변보호제도의 법적 근거를 법률에 명시하였으나, 그 성격이 여전히 보안처분과 유사하고 경우에 따라 국민의 기본권을 침해하는 경우도 있기에 법률과 시행령에 보다 엄격히 규정하는 것이 필요하다. 둘째, 제도 운영과정에서 명확성, 투명성, 적정성을 확보하고, 과잉금지원칙이 준수되어야 한다. 제도의 본질과 취지를 고려하여 보호 대상의 분류체계를 명확히 하고 신변보호에 한정하여 운영해야 하며, 운영지침도 목적에 맞게 축소하고 공개하여 투명하게 운영하여야 한다. 북한이탈주민에게 신변보호제도에 대한 정확한 정보를 제공해야 하고, 신변보호기간의 연장은 엄격한 요건 하에서만 이루어져야 하며, 북한이탈주민의 기본권을 최대한 보장할 수 있도록 비례의 원칙이 준수되어야 한다. 셋째, 북한이탈주민이 신변보호담당관들로부터 실질적인 도움을 받고 있으나, 지나친 보호는 북한이탈주민의 경찰에 대한 의존성 심화 및 인권침해에 대해 무감각하게 만들 위험성도 있다. 본연의 목적에 부합하면서도 인권침해 위험성을 최소화하기 위해서는 신변보호제도와 정착지원제도의 분리, 신변보호제도 운영 가이드라인(직무매뉴얼) 작성, 신변보호담당관 대상 인권교육과 직무교육의 필수화 및 정례화, 북한이탈주민에 대한 법적 지원 등이 필요하겠다. 결론적으로 신변보호제도는 제도 본질에 맞는 제도 재설계, 과잉금지원칙의 준수, 관련 부처 간 명확한 역할 분담, 신변보호담당관의 역할 축소 등을 토대로 북한이탈주민의 인권을 보호할 수 있는 방향으로 운영되어야 할 것이다.