이 연구의 목적은 사회적 이슈를 불러왔던 2019년 11월 북한선원 강제추방 조치를 두고 위법이냐 적법이냐 관한 논의에서 시작되어 국내법적 관점과 국제법적 관점에서의 적법성 여부를 검토하고 법치주의와 인도주의적 원칙을 고려한 실천적 법적 과제에 대해 논의하는 것이다. 연구 결과, 북한선원의 강제추방결정은 적법절차의 원칙이 요구되는 합리성과 정당성이 결여되었으며, 공평성을 배제한 조치였던 것으로 나타났다. 먼저, 귀순의사를 밝힌 북한선원은 우리 국민이며 북한이탈주민보호법에 따라 정착지원 대상에서 제외할 수는 있는 비보호결정은 가능하나. 북한선원의 강제퇴거는 출입국관리법상 외국인에 해당되는 것이며 외국인으로 처우한 결정은 헌법과 법률에 위배된다. 다음, 합동조사과정은 사법절차를 위한 행정조사의 성격을 갖는 절차이며 형사사법절차에 따라 유죄의 판결이 확정되기 전까지는 ‘범죄자’로서의 성립과 처벌할 수 있는 직접적인 명문규정이 없다. 마지막으로 법규적 처형, 자의적 구금 등 반인도범죄에 해당하는 인권침해가 일어나고 있는 북한으로의 추방은 우리나라가 가입한 고문방지협약에 반하는 것이다. 이번 사건은 북한과의 관계를 의식한 측면도 있지만, 우리법률에서는 북한에서의 범죄혐의가 있는 북한이탈주민의 비보호결정 이외에는 범죄혐의를 합법적으로 수사할 수 있는 형사사법의 한계점을 보여준다. 남북관계가 점진적 발전단계에 들어서고 있음에도 사건이 발생하면 정치적 관점에서 해결하려는 냉전적 사고에서 벗어나 남북인적교류와 현실을 반영하여 실효성 있는 법제도와 체계를 구축하여 남북한 형사사법의 규범력을 갖추어야 한다.