최근 남북관계가 급속도록 진전되면서 독일 또는 예맨과 같이 언제든지 통일을 맞이하게 될 수도 있다는 의견이 대두되고 있다. 만약 급진적인 통일이 이루어지게 된다면 무엇보다 선결적으로 해결해야 할 과제가 통일한국의 정부조직체계를 구축하는 일이다. 본 연구에서는 통일한국의 정부조직체계 통합방안을 모색하는데 그 목적이 있다. 기존 몇몇 연구들이 연방제 통일방안이나 급진적인 통일에 따른 방안을 제시하고 있으나, 통일에 대한 기본전제, 여건 및 인식에서 서로 차이가 있다. 본 연구는 급진적인 평화통일 상황에서 북한의 국가형태, 행정수요 및 독일･예맨 사례 등을 분석함으로써 제도적인 측면에서 통합방안을 모색하였다. 그 결과 통일한국의 정부조직체계는 연방제에 대한 합의가 어렵다는 긴박한 가정하에 첫째, 북한의 조직체계를 반영하되 기본적으로 아래로부터의 자치성과 위로부터의 민주적 헌정체를 원칙으로 하여 남한의 정부조직을 확대 적용하고, 둘째 통일한국의 효율적 업무처리를 위해 대통령 직속의 “(가칭)북한특별재건위원회”를, 각 부처에는 TF팀으로 실 수준의 “북한실”을, 그리고 행정안전부에는“제2차관”하의 “북한자치국”을 각각 설치하고, 셋째 통일부는 분산･해체하며, 넷째 지방정부는 2특별시, 6광역시, 1특별자치시(행정자치시), 13개 도, 1특별자치도로 구역통합을 하고, 다섯째 군경은 민주성과 정치적 중립성을 확보하되 경찰은 국경경비대를, 군은 중국과 러시아 접경지역에 재배치하도록 하고, 끝으로 수도는 남북간의 균형발전 차원에서 서울과 평양에 각각 두고 세종시에 행정수도를 두도록 하는 방안을 제안하였다.