한반도 평화체제 구축을 포함한 통일정책은 그동안 중앙정부를 중심으로 진행되었고, 정치권의 과제로 인식되었다. 그러나 이러한 중앙차원의 관점에서 지방차원으로 인식의 전환을 하는 경우, 예컨대 남한 지방자치단체와 북한 지방행정기관의 적극적인 교류협력관계가 형성된다면, 중앙 간의 미묘한 갈등에서 벗어나 풀뿌리 차원에서 보다 자유로운 그리고 보다 일상적이고 지역적인 교류협력이 가능할 것이다. 이는 서로 다른 정치체제 속에서도 남북한의 동질감을 회복하고 통일 이후의 성공적인 지방자치의 정착할 수 있다는 점에서 지방자치단체 차원의 교류협력은 매우 유의미하다. 민주주의에 입각한 지방자치와 국민적 합의의 중요성을 인식한다면, 일부 영역에 있어서 지방자치단체의 참여와 기여가 필요하다. 이를 위해서 남북풀뿌리교류협력과 관련한 법제도적 연구가 시급한 실정이다. 현재 남북풀뿌리교류협력에 관하여 직접적으로 규율하고 있는 법규정은 없다. 즉, 규범적 논의가 미진한 상태에서 정치적·정책적 필요성에 따라 남북풀뿌리교류협력이 진행될 경우, 규범과 정책 간의 갈등관계가 형성되고, 이는 한반도의 평화체제구축과 통일정책을 수행함에 있어 장애요소가 될 것이기 때문이다. 남한의 지방자치단체가 자신의 소관사항을 자기책임성을 가지고 합리적으로 필요한 범위 내에서 북한의 지방과 교류협력을 하는 것에 대하여 이를 금지하거나 규제하는 것은 남북풀뿌리교류협력의 중요성과 법이론적 고찰에 비추어 볼 때 바람직하지 않다. 또한, 한반도의 평화구축과 평화통일의 달성이라는 목표를 감안할 때, 남한의 지방자치단체가 풀뿌리교류협력을 진행함에 있어서 중앙정부와 협조할 필요성이 대두된다. 이러한 협조방식은 사전협의, 조정, 정보공유, 지원 등이 있고 중요한 사안에 있어서는 거버넌스 차원에서의 협조체제가 구축되어야 한다. 현재 남한의 지방자치단체는 예컨대, 개성, 평양, 의주 등과 같이 북한의 특정지역에 관심이 집중되는 경향을 보이고 있다. 이에 따라 중복·중첩의 가능성이 존재하고 그 결과 이를 조정할 필요가 있다. 중복이 반드시 부정적인 것만은 아니지만 통일 이후 북한지역의 지방자치를 성공적으로 정착시키기 위해서는 균형성의 차원에서 빠짐없는 남북풀뿌리교류협력이 진행되어야 한다. 마지막으로 상론한 바와 같이 남북풀뿌리교류협력은 법률유보의 적용을 받는 영역이기 때문에 남한의 지방자치단체가 풀뿌리교류협력을 진행하기 위해서는 법률적 근거가 필요하다. 이와 관련하여 현존하는 법령의 개정을 통하여 편입시키려는 노력과 새로운 법을 제정하는 방식이 예상되며, 지방자치단체의 권한, 관련 절차, 책임 및 중앙의 통제 등 세부적인 법적 문제를 어떻게 규율할 것인가도 문제가 된다. 즉, 국가의 기본적인 질서와 지역주민의 중요한 기본적인 권리사항임을 고려하여 법률에서 구체적으로 명확히 규정하는 것이 바람직한지 아니면 법률에서는 기본적인 사항만을 규율하고 지방자치단체에게 재량의 여지를 두어 풀뿌리교류협력의 취지에 맞게 중앙 간의 미묘한 갈등에서 벗어나 풀뿌리차원에서 보다 자유로운 그리고 보다 일상적이고 지역적인 교류협력이 가능하도록 할 것인지를 검토해야 한다. 이는 비단 법학의 영역에서만 검토될 사항이 아니라 학제간 더 나아가 민관연의 통섭적 연구를 통하여 계속적으로 연구하여야 할 것이다.