북한이탈주민들은 북한에서의 거주기간 및 탈북과정에서의 어려움으로 인하여 건강상태가 취약한 것으로 알려져 있다. 북한이탈주민 대상 보건의료정책은 건강조건에서의 차별적 취약성을 개선시켜 남한 국민들과의 건강 불평등을 완화하고 안정적인 정착을 지원한다는 점에서 그 당위성을 찾을 수 있을 것이다. 본 연구는 서울시에서 북한이탈주민을 대상으로 시행한 A형 간염 백신 무료접종사업의 비용효과성을 분석하고 향후 관련 사업들을 지속적으로 관리·확대하기 위한 정책적인 시사점을 제안하고자 하였다. 북한이탈주민의 특성(연령구조·면역률·위험군 비율)을 반영하여 코호트를 구성하였으며, 보건의료사업 참여율에 따라 비용효과성이 어떻게 변화하는지 평가하고자 마콥모형이 결부된 결정수형을 사용하여 북한이탈주민이 항체검사와 1·2차 백신 접종의 참여여부에 따라 마콥모형에 진입하는 초기 건강상태 및 비용이 달라지도록 설계하였다. 연구결과 해당 보건의료사업을 시행할 경우, 시행하지 않는 것과 비교하여 비용은 22,708원, 효과는 0.0005 QALY가 증가하는 것으로 나타났으며, 점증적 비용효과비(ICER)는 45,452,128원/QALY로 산출되었다. 하위집단 분석을 수행한 결과 A형 간염 면역이 없으면서 위험군인 만성간염 환자일 경우 비용효과성이 가장 높은 것으로 나타났다. 향후 북한이탈주민 대상 보건의료사업 및 정책을 수행할 경우 해당 질환에 대한 면역률과 합병증 가능성을 고려해 비용과 효과를 예측하고, 지원이 시급한 하위집단을 확인하여 이들의 참여를 높이는 정책적인 노력이 필요할 것으로 보인다.