대한민국 정부가 수립된 직후 가장 중요한 외교문제 가운데 하나는 주한미군 철수 문제였다. 미국에서도 한반도의 전략적 가치를 인정하지 않는 군부와 이에 따라 조기 군대철수를 주장하는 미 합동참모본부의 구체적 계획에 의해 주한미군 철수가 가시화되고 있었다. 하지만 미국의 주장으로 유엔의 개입이 이루어져 선거가 치러진 신생 대한민국의 장래와 안보 취약은 당장 미군 철수로서만 해결될 수는 없는 것이었다. 따라서 미 국무부에서는 주한미군의 철수를 되도록 지연시키는 전략을 취할 수밖에 없었다. 주한미군의 즉시 철수를 주장하는 미 군부와 가능하면 이를 지연시키고자 하는 미 국무부 사이의 갈등을 해결할 수 있는 것은 정확한 정보와 함께 상황판단을 해줄 현지 미국 정부 담당자였다. 따라서 이를 위해 당시 부임한 무초는 주한미외교단(American Missions in Korea)의 최고 책임자로서 주한미군의 철수에 대한 그의 의견이 매우 중요하였다. 물론 주한미군 철수에 대한 무초의 인식은 매우 역설적인 입장에 놓여 있었다. 한편으로는 미 당국의 정책에 따라 모호하게 변화되었지만 최초 그의 주장은 소련의 원조 하에 증대되는 북한의 전력에 맞서 한국군의 전력도 증강하려는 노력이었다. 하지만 지나친 군비 증강은 호전적인 경무대와 군부로 하여금 북진이라는 위험을 불러올 수 있다는 우려로 인해 최소한으로 한정되었다. 결국 1949년 6월 30일을 시한으로 주한미군 철수에 대한 무초의 최후 임무는 이승만대통령과 한국 국민을 설득시키는 일이었다. 여기에 무초의 지나치게 조심스러운 행보가 어쩌면 북한과의 군비 경쟁에서 뒤처지는 결과를 불러왔다.