북한지역에서 최초로 창설된 해양경비부대는 수상경비대였다. 서해수상경비대는 1946년 6월에 창설되었고, 동해수상경비대는 7~8월에 창설되었다. 그리고 수상경비대의 명칭은 9월에 수상보안대로 개칭되었다. 수상보안대는 1947년 4월에 각각 서해수상보안대대와 동해수상보안대대로 증편되었다. 해양경비부대의 주요임무는 해안 경비와 밀항·밀수 단속이었다. 해양경비부대의 지휘관은 대부분 정규군관학교를 졸업한 조선의용군출신이 맡았다. 북한정치세력은 해양경비부대를 육성하기 위해 1947년 7월 8일 원산에 수상보안간부학교를 창설하였다. 해양경비부대는 중앙행정기관이 관할했다. 그러나 해양경비부대의 지휘체계는 소련군·행정기관·사법기관 사이에 상호 충돌하였다. 소련군사령부와 북조선검찰소는 수상보안대대의 업무에 직접 개입했다. 수상보안대대는 이같은 개입을 불법행위로 판단하였고, 개입 사실을 내무국에 보고하였다. 내무국은 소련군사령부의 개입 사실을 직접 조사했으며, 소련군사령부가 반출한 물품을 회수하였다. 또한 내무국은 수상보안대대에 검찰소의 지시를 받지 말라고 지시하였다. 이후 해양경비부대에 대한 지휘권은 내무국이 장악하였다. 북한의 해양경비부대는 남한의 조선해안경비대와 비슷한 시기에 창설되었으나, 부대규모는 해안경비대가 압도적으로 컸다. 조선해안경비대가 급속히 확장한 것은 미군정이 적극적으로 지원했기 때문이었다. 소련은 미국에 비해 해양경비부대의 창설을 적극적으로 지원하지 않았다. 북한의 해양경비부대에는 극소수의 소련군사고문만 배치되었고, 소련제 무기와 장비도 없었다. 해양경비부대는 소련의 군사지원이 지연되었기 때문에 전력을 확장하지 못했다. 그 결과, 북한의 해양경비부대는 창군사업에서 분리되어 중앙행정기관의 경비부대로 남게 되었고, 북한 해군의 창설도 지연되었다.