최능진은 평남 강서군 출신의 우익계열 독립운동가로서 1937년 도산 안창호와 함께 ‘수양동우회 사건’으로 구속되어 2년간 옥고를 치르기도 했고, 해방 직후 미군정에 의해 경무부 수사국장으로 근무했으나 친일청산을 외치다가 파면을 당하기도 한 인물이었다. 그는 1948년 대한민국 정부 수립 당시 5.10총선거에 이승만에게 도전하는 등 이승만의 정적 1호로 불릴 만큼 유명했으나, 정부수립 후 한달 만에 내란음모죄로 징역 5년형을 선고받고, 1950년 한국전쟁 발발 후 북한군에 의해 풀려나서 서울에서 평화운동을 벌이다가 친북활동가로 몰려 1951년에 이적죄로 총살당하였다. 이 사건에 대해서 진실⋅화해를 위한 과거사정리위원회는 2009년 8월 18일 군법회의에서 인정한 사실관계는 모두 왜곡되었고, 재판 당시의 헌법에는 군법회의에 관한 규정이 없으므로, 국방경비법에 근거한 군법회의에 의한 재판은 위헌 또는 무효라고 결정하였다. 그렇지만, 국방경비법은 당시의 혼란한 건국시기에 제정, 공포된 유효한 법률이었음이 명백하고 이는 대법원은 물론 헌법재판소의 판결을 통하여 확고하게 인정된 바 있다. 그럼에도 불구하고 진실⋅화해를 위한 과거사정리위원회가 이 사건에 대해서 국방경비법에 근거한 군법회의가 설치근거가 없으므로 무효라고 한 것은 잘못된 결정이다. 또한, 진실⋅화해를 위한 과거사 정리위원회는 이 최능진 사건에서 계엄군법회의가 재판권을 가지고 있지 않다고 하였는데, 본 사건 당시가 비상계엄시임이 명백한 점, 민간인이 군사법원에서 재판을 받지 않을 권리는 이 사건 후인 1962년 헌법에서 등장한 점, 국방경비법 제32조 이적죄의 주체에 해당한다는 점 등에 비추어 타당하지 않는 결정이라고 할 것이다.