이 글은 남북한 관계에 대한 국제통합이론의 적실성을 신기능주의를 중심으로 검토한다. 국제통합이론은 (1) 남북이 사실상 두 개의 국민국가로 변모한 현실 위에서 통일 방안을 수립하고 (2) 특히 서로주체적 통합을 모색하는 데 도움을 주며, (3) 남북한이 실제로 국제통합이론을 활용해온 점에서 의미가 있다. 하지만 통합이론 자체에 내재하는 한계와 한반도의 특수성으로 인한 문제들이 있다. 이론 자체의 한계로는 (1) 통합 개념의 정의와 지표가 불분명하고, (2) 통합의 진전만 중시하고, (3) 외생적 변수를 경시하는 점이 있다. 따라서 통합 대신 분리-통합의 연속적 개념을 정립하고 단계별 지표를 구성할 필요가 있으며, 통합의 외생적 변수도 중시하는 방향으로 개선할 필요가 있다. 한반도의 특수성으로 인한 문제로는 (4) 남북한의 체제 이질성이 크고 (5) 따라서 통합의 파급효과를 기대하기 힘들다는 점이 자주 거론된다. 하지만 체제 이질성의 문제는 그렇게 크지 않고, 파급효과도 상당한 정도로 기대할 수 있다. 다만 남북한 모두에서 정부가 차지하는 핵심적 역할을 고려하여 경제통합과 정치통합을 병행하는 전략이 필요하다.