남북대치 및 북핵 위기 상황에서 군 지휘체계는 매우 중요하다. 헌법과 「국군조직법」 등 법률 외에 정전협정이 효력을 가지고, 국군 외에 주한미군 나아가 한미연합사령부 및 유엔군사령부의 존재와 전시·평시 지휘체계가 구분되는 독특하고 복잡한 현재의 군 지휘체계의 쟁점과 전작권 반환과 함께 예정된 미래연합사체제의 법적 쟁점과 과제를 살펴보는 것은 의미가 있다. 국군조직법상 군 지휘체계에서 국무총리의 역할에 대해 법적 보완이 필요하고, 국방차관과 부대 지휘관의 직무대행에 대해 법적 근거를 명확히 할 필요가 있다. 또한 합참의장에게 군령권을 부여하고 각 군 참모총장에게 군정권을 부여한 국군조직법은 헌법을 구체화한 것이다. 다음으로, 평시 작전통제권을 가장 효율적으로 구현할 수 있는 조직과 지휘체계를 구축하여, 북한의 국지도발에 대한 대응뿐만 아니라 북한 내 급변사태 유형별 평시 작전통제권의 활용 매뉴얼을 준비할 필요가 있다. 아울러 평시 군 지휘체계의 핵심인 교전규칙이 합참 교전규칙과 한미연합사/유엔사의 정전 교전규칙 2가지 적용될 수 있는 문제와 해결방안을 검토하였다. 또한, 전작권 환수와 함께 설립되는 미래연합사체제에서 합참의장과 미래연합사령관간 전작권의 주체를「국군조직법」에 명확히 할 필요가 있고, 미래연합사체제의 모델을 미일동맹체제와 NATO체제를 모델로 우리에 맞는 방향을 찾아야 하고, 특히 유엔사 재활성화의 현실을 받아들여 미국과 협력을 통해 주한유엔군지위협정 등 유엔사 내 우리의 역할 강화를 모색해야 함을 제안했다. 남북대치와 북핵 위기에 대한 대응과 함께 북한의 급변사태 등 다양한 위험에 대비하여 평시 작전통제권 상황, 나아가 전작권 전환과 미래연합사체제에서 바람직한 군 지휘체계를 모색하는 것은 매우 중요한 과제이다. 더불어 현재의 남북대치와 북핵 위기와 함께 향후 한반도 평화 체제 구축과 평화협정, 나아가 평화통일의 과정을 대비하여 상황별로 국내법뿐만 아니라 국제법적 대응 논리를 개발하고 대응 매뉴얼을 마련할 필요가 있다.