본 논문의 목적은 미래 전략 환경에 부합하는 한국군의 상부지휘구조를 제시하는 데 있다. 오늘날 한국군이 채택하고 있는 상부지휘구조는 합동군제이다. 합동군제는 국방부장관의 군령권과 군정권을 분리하여 군령권은 합참의장을 통해, 군정권은 각 군 참모총장을 통해 행사하는 구조이다. 군령권과 군정권이 분리된 이원화체제로 통합된 지휘의 제한, 업무 구분의 모호성, 상부지휘구조의 비대화 등 다양한 문제점이 대두되고 있다. 그뿐만 아니라 현재의 상부지휘구조는 1990년 10월 1일부터 30년 이상 적용해온 지휘구조로서 진화하는 북한위협, 군사전략, 연합지휘체제 등의 변화를 수용하기 어렵다. 이에 따라 본 연구에서는 한국국방연구원에서 제시한 군구조 결정 방법론의 ‘결정요인’을 기초로 미래의 바람직한 상부지휘구조로 ‘대만형 상부지휘구조’를 제안한다. ‘대만형 상부지휘구조’의 주요 특징은 효율적인 지휘통제 및 문민통제의 원칙을 보장하기 위해 군령권은 군인 지휘계통을 통해, 군정권은 민간인 지휘계통을 통해 행사하는 지휘구조이다. 군령권은 전·평시작전의 연계를 위해 평시 합동군사령관 겸 전시 한미연합군사령관이 통할하여 지휘한다. 군정권은 국방부장관 예하에 2명의 군정차관을 두어 전투와 직접적으로 관련이 없는 군정지원과 전력증강에 관한 권한과 책임을 부여한다. 각 군 본부 및 각 군 작전사령부를 통합하여 각 군 사령부를 편성하고, 각 군 사령관은 전·평시 군령권 및 전투와 직접적으로 관련된 교육훈련과 군수지원에 대한 군정권을 행사하는 지휘구조이다.