남한과 북한의 관세제도는 상이한 경제체제로 인하여 많은 차이를 나타내고 있다. 북한에서 남한으로 반입되는 물품은 관세 부과대상이 아니기 때문에 북한 관세제도에 대한 연구는 미미하며 주로 남북한 관세제도 협력에 관한 연구가 대부분이다. 그러나 본 연구에서는 남한과 북한의 관세제도를 법률을 중심으로 비교 연구하였다. 연구결과 북한의 과세대상은 수출입물품 모두를 과세대상으로 하고 있다. 남한은 신고납부방식으로 운영하나 북한은 부과고지제도를 채택하고 있다. 다만 특수경제지대에서는 신고납부제도로 운영하고 있다. 과오납 환급청구권의 시효는 남한이 5년, 북한은 1년으로 규정하고 있다. 수출입금지품목은 남북한 모두 유사한 내용으로 이루어지고 있다. 북한의 관세제도는 남한에 비하여 매우 불명료한 규정이 많아 납세의무자에게 매우 불리한 체계로 이루어져 있다.