지방자치단체의 남북교류협력은 자율성, 다양성, 시민참여, 지방분권 및 재정안정성의 측면에서 정부가 주도하는 단선적인 사업의 한계를 보완할 수 있다는 장점이 있다. 지난 25년간 진행된 지방자치단체의 남북교류협력은 한반도를 둘러싼 국제환경, 정부의 대북정책, 북한의 대남전략, 남북관계의 변화 등 지방자치단체의 의지와 노력의 범위를 벗어나는 구조적 차원의 환경으로부터 영향을 받을 수밖에 없었다. 또한 상대적으로 추진하기 수월하고 이목을 집중시킬 수 있는 이벤트적 성격이 강한 사업이 중심이 되었고, 교류협력사업을 지역의 이익으로 환원시키지 못하였으며, 시민참여와 전문인력 부족 등의 문제를 노정하였다. 향후 남북교류협력은 지역적 특성에 기반 하여 단계적이고 체계적이며 상호이익을 증진시키는 방향으로 추진되어야 한다. 이를 위해서 북한 접경지역은 지역의 문제를 공동으로 해결하거나 지역 발전을 위해 협력할 수 있는 방안을 모색하고, 비접경지역은 지역적 정체성을 보다 명확히 하는 가운데, 그 바탕에서 교류협력 방안을 모색해야 한다.