전작권 전환은 한미 연합방위의 틀을 획기적으로 변화시키는 변곡점이며, 한국방위의 한국화를 정착시키는 일이다. 본 연구의 목적은 전작권 전환 시의 한미 연합지휘구조를 합리적으로 예측하고, 그에 따른 준비 방향을 모색하는 데 있다. 전작권 전환은 아직 일어나지 않은 미래의 일이고, 이때의 한미 연합지휘구조를 합리적으로 예측하기 위해서는 이론적 근거에 기초해야 논리성과 타당성을 보장할 수 있다. 선행연구를 통해 분석한 결과를 바탕으로 한미 연합지휘구조에 영향을 미치는 요인은 미국의 대한국 정책, 북한의 위협, 한국의 국방정책, 연합작전의 효율성 등 4가지를 설정하고, 한미 연합지휘구조의 조정과정에 작동하는 메커니즘으로 안보-자율성 교환 이론을 적용한 분석의 틀을 활용한다. 본 연구는 과거 한미 연합지휘구조에 주요 변화가 있었던 3개의 사례를 분석하였고, 그 결과 한미 연합지휘구조는 미국의 대한국 정책, 북한의 위협, 한국의 국방정책 등의 정책적 영향요인에 의해 이루어진 한미동맹에 조정과 연계하여 변경되었으며, 구체화 과정에서 연합작전의 효율성이라는 군사적 영향요인이 영향을 미쳤음을 알 수 있었다. 이러한 분석 결과를 기초로 미래를 평가할 때, 전작권 전환 시 한미 연합지휘구조는 미래 연합사 체제가 될 것으로 예상된다. 그러나 미래 연합사 체제는 현 연합사(전시) 체제가 갖는 문제점을 그대로 계승하거나 추가적인 문제점을 안고 있으므로 이를 해결하기 위해서는 합동군사령부 창설 등의 대책이 요구된다.