본 연구는 북한이탈주민의 국가보안법위반 사례를 언론보도와 판례를 중심으로 분석하였다. 그 결과 ‘탈북일가족 납북 사건’에서 북한이탈주민이 북한에서 저지른 범죄에 대해 남한 법원에서 유죄판결을 받은 사례를 확인하였다. ‘서울시 공무원 간첩 사건’을 통해 국가정보원의 북한이탈주민 조사과정에서 형사법위반과 인권침해가 있었음을 확인하였고, 이후 국가정보원의 북한이탈주민 조사과정은 조사기간 단축, 인권보호관제도 등 인권이 실질적으로 보장될 수 있도록 개선되었음을 확인하였다. 또한 ‘북한이탈주민 단체 대표 암살 기도 사건’ 등을 통해 북한당국의 북한이탈주민 위협 사례를 확인하였고, ‘북한이탈주민 재입북 시도 사건’ 등을 통해 국내 북한이탈주민의 부적응 사례를 확인하였다. 결론적으로 분단체제에서 북한이탈주민은 그 존재만으로 수많은 국가보안법위반 사례에 노출되어 있음을 확인하였다. 따라서 북한이탈주민에 대한 국가보안법 적용은 북한이탈주민의 특수성을 이해한 바탕 위에, 국가보안법 남용 가능성을 줄이기 위해 인권적인 절차를 통해 엄격히 적용되어야 한다.