본 사업의 목적은 남북청소년을 위한 안정적인 교육생태계 구축과 교육의 질 향상이다. 본 기관의 남북청소년 통합교육 종사자는 북한이탈청소년의 한국 사회 정착에 결정적인 역할을 수행하고 있다. 또한 이들은 남북청소년 통합교육을 선두하며 남북청소년 생활 문화 구축 및 교육에 대한 심도 있는 이해와 전문성을 쌓아가는 중요한 통일 인적 자원이다. 이들의 역량을 강화하고 업무 소진을 방지하여 남북청소년 통합교육의 지속가능성을 도모하는 것이 본 사업의 목적이며, 이는 통일 후 교육을 위한 중요한 과제이다.