통일부 정책총괄과는 정부의 통일·대북정책을 수립·종합·조정하는 핵심 부서로, 당면한 대북정책의 추진과 평가를 담당한다. 통일 및 남북관계와 관련된 입장을 정립하고 대응 전략을 마련하며, 대북 협상 대책 수립을 지원한다. 또한, 국가안전보장회의(NSC) 등 주요 통일·외교·안보정책 관련 관계 부처 간 협의체 운영을 지원하고, 통일·대북정책 관련 자문기구를 운영하며 정책적 논의를 강화한다. 아울러, 국립통일교육원 업무 운영을 지원하고, 통일정책실 내 예산·국회·홍보·서무·보안 및 성과관리 업무를 총괄하며, 기타 실내 타 부서에서 담당하지 않는 사항을 관장한다.