통일연구원은 1980년대 이후 구소련의 해체와 동구권의 붕괴등 국제정세의 급변에 따라 우리의 통일환경도 변화 하여, 정부는 사회주의권과의 교류확대와 남북한 통일외교를 적극 추진하게 되었다. 또한 국민들의 바람직한 민족통일관 정착을 위한 프로그램마련의 필요성이 증대되었으며, 통일논의의 확산과 체계적, 전문적 종합연구기관의 필요성이 증대하였다. 이와 같은 필요에 부응하여 민족통일연구원법(법률제 4241호)에 의거 1991년 4월 9일 민족통일연구원이 개원하였다.